3E级船布置图
3E级集装箱船的设计工作早在2010年就已经开始，当时马士基的想法是建造一艘适用于亚欧航线的集装箱船，每航程可以搭载更多货物，油耗尽可能少，同时尽可能环保。该船最初的设计目标为船长与“Emma Maersk”号相近，但需要多装载2500个集装箱，在较低的航速下进行优化。
为了在不过多增加船长的基础上，尽可能多地搭载集装箱，该船的船体采用U形设计，上一代的“Emma Maersk”号为V型，U型的好处是舱内可装载更多集装箱，因此3E级仅比E级长4米，宽3米，却可多装载2500个集装箱，装箱量增加了16%。3E级可装载23排集装箱，能更好地利用目前港口吊的延伸范围，“Emma Maersk”号为22排。
布置特点。
“EmmaMaersk”号的甲板室和烟囱布置在船中部，封闭式驾驶桥楼位于甲板室顶部。3E级船的甲板室相对来说更靠前，驾驶桥楼位于甲板室顶部，机舱则位于船后部，烟囱位于机舱的上方。这样的布置可允许驾驶桥楼前方的集装箱堆叠得更高，同时仍保持足够的可视性，能满足SOLAS V/22规则对大型集装箱船桥楼可视性的要求，另一方面生活区的噪声水平和振动水平也较低，还可以增加船体强度。不过这种布置特点并非3E级的首创，三星重工14000TEU、16000TEU集装箱船以及STX公司的13000TEU集装箱船都采用了这样的设计。
从下图马士基公司不同年代从大到小四型集装箱船的布置中可以看出，随着装箱量的越来越大，集装箱船的驾驶桥楼在不断地往前移，直到3E级船时，采用了上述驾驶室与机舱分离的“双岛式”布置。

马士基四型集装箱船桥楼布置对比图

3E级船船型优化
为了达到最佳的效率，3E级船的设计团队对船型进行了优化，首先使用CFD软件对船体形状进行优化，比如船首部分，优化前的设计方案如上图（上），优化后的如图（下）。图中红色和蓝色的部分显示了球鼻首产生的波浪，通过优化，将此处产生的波浪减至最少，从而减少能量损失。正是在CFD优化过程中，设计团队意识到该船较低的航速允许超长冲程发动机以较低的转速运转，这样可以通过使用两台发动机来减少油耗，比使用单台发动机（高航速）更节省能源。
其次使用长10米，1：38的比例模型进行船模试验，以检验3E船在正常海况和极端海况下的状态。最后在海试阶段还会对所有船上系统、油耗、报警器、振动、噪声、动力管理等进行验证。