但同时,众多的资料表明:压舱水是外来海洋生物入侵的重要载体。早在1908年,人们便猜测压舱水可能是浮游生物实现迁移的机制之一;1973年,研究人员则首次证实压舱水可作为活海洋生物的转载体。据报道,澳大利亚境内现有的170余种外来海洋生物中,可能有24%～33%是通过压舱水输入的;而每1天,通过舱舶(包括船体及压舱水等)在世界各地转运的生物物种数则可能超过3000种。
在世界范围内,压舱水引起的生物入侵的例子比比皆是,包括海藻、鱼、牡蛎、多毛虫、软体动物、海星、其他的浮游动物以及霍乱弧菌。其中,许多生物已造成了明显的生态破坏和大量的经济损失,有一些甚至给人类健康造成了直接的威胁。最典型的例子有： 　　E1- Tor 生物型霍乱弧菌是引起1961年到20世纪90年代早期的霍乱第7次世界大流行的元凶。1991年和1992年,从5艘停靠在美国墨西哥湾沿岸港口的货船压舱水和污水中,研究人员发现了霍乱弧菌。这项发现提示压舱水可能是霍乱在国际传播中的重要途径。研究表明,霍乱弧菌可在海水中存活50日。霍乱弧菌的存活与藻花和一些海洋生物的壳质外骨骼的“殖民”有关,这表明压舱水起到的作用可能与转运中间宿主,以及游离细胞有关。
因此,压舱水已是公认的一个潜在的环境危害因素。压舱水的监管和处理不仅是水处理领域里的研究热点,也是检验检疫科学的重要课题。针对此情况,世界上的许多国家已经出台,或正着手研制相关的法律法规,以便对船舶压舱水实施科学有效的管理。