在水运资源较为丰富的长江水系、珠江水系、京杭运河与淮河水系、黑龙江和松辽水系及其他水系，形成长江干线、西江航运干线、京杭运河、长江三角洲高等级航道网、珠江三角洲高等级航道网和18条主要干支流高等级航道（简称两横一纵两网十八线）的布局，构成我国各主要水系以通航千吨级及以上船舶的航道为骨干的航道网络，规划内河高等级航道约1.9万公里（占全国内河航道里程的15%），其中三级及以上航道14300公里，四级航道4800公里，分别占75%和25%。

高等级航道有长江干线，西江航运干线，京杭运河，长江三角洲高等级航道网，珠江三角洲高等级航道网，岷江，嘉陵江，乌江，湘江，沅水，汉江，江汉运河，赣江，信江，合裕线，淮河，沙颍河，右江，北盘江－红水河，柳江－黔江，黑龙江，松花江，闽江。全国内河主要港口规划布局方案是形成由28个内河港口组成、以区域主要城市对外辐射的主要港口体系，包括泸州港、重庆港、宜昌港、荆州港、武汉港、黄石港、长沙港、岳阳港、南昌港、九江港、芜湖港、安庆港、马鞍山港、合肥港、湖州港、嘉兴内河港、济宁港、徐州港、无锡港、杭州港、蚌埠港、南宁港、贵港港、梧州港、肇庆港、佛山港、哈尔滨港、佳木斯港。