重庆位于云贵川渝四省市的最东面，是西南地区沿长江东出的门户。在长江上游的水运体系中，具有无可置疑的中心地位。

另一方面，重庆在航道方面所占据的优势密切相关。重庆至云南水富段的长江河段(俗称川江)，地势落差大，水位浅暗礁多，通航条件不佳。经过多年整治，目前川江航道仍介于Ⅱ/Ⅲ级之间，大多数河段已达到Ⅱ级标准，但部分梗阻河段仍未达标。因此川江仍然只能保证千吨级船舶常年通行，两千吨级船舶只能在丰水年份实现全年通航；至于三千吨级船舶，则只能在雨季通行。

至于长江上游各支流，由于地理因素(地势落差大，滩多弯多水浅)，通航条件差。加之早期云贵川三省经济状况不佳，且都不太重视水运，兼之早期的水电站都未设置船闸，实际已断航多年。直到最近十来年，各省经济快速发展，同时对水运的重视度上升，才相继展开各河复航的航道建设。

经过十多年的航道整治建设，目前嘉陵江和岷江已实现干流部分或全部复航，乌江的复航工程则仍在建设之中。其中岷江已建成乐山至宜宾的Ⅲ级航道，乐山以上航道仍在整治之中。嘉陵江南充至重庆建成三级航道，南充至广元则已建成Ⅳ级航道。乌江部分河段已能通航，全线通航则仍需要一段时间。

与云贵川相比，重庆的航道条件则要好多了。由于葛洲坝和三峡水电站的建成，重庆至宜昌段航道条件发生了飞跃式变化。早期未建电站之前，长江三峡段水势湍急，滩多礁多，行船十分危险。但随着两大电站的建成，三峡地区长江水位大幅上升，其航道状况发生了翻天覆地的变化。

目前万州至葛洲坝库区的航道可常年通行万吨级船舶，万州至涪陵段可常年通行五千吨级船舶，涪陵至江津段可常年通行三千吨级船舶。目前正在进行朝天门至涪陵的航道整治，工程完工后重庆主城区以下都可以通行五千吨级船舶。可以说重庆的长江航道条件比中下游很多河段都要更好，因此很多云贵川的企业也喜欢将自己的货物运到重庆换装大船运往长江中下游地区。

不过重庆作为一个上游省市，其航运的发展要受到中下游地区的航道条件的制约，很多时候也会生出无奈之感。比如说万州到葛洲坝库区可以常年通航万吨级船舶，但葛洲坝到武汉在枯水期只能通行三千吨级船舶，武汉到裕溪口枯水期只能通过五千吨级船舶，因此实际上万吨级船舶只能在雨季丰水期到达重庆，枯水期则会急剧下降到三千吨级。

另外葛洲坝和三峡水电站给重庆航运发展带来的也不光是好处，同时也带来了限制。由于葛洲坝和三峡船闸存在通行能力限制，随着通航船只越来越多，两座大坝的船闸过闸等待时间也越来越长。目前两座大坝船闸的待闸时间平均为一个星期，这严重影响了重庆的水路运输发展。